在20世纪末至21世纪初，德国足球史上出现了两个时代的霸主，分别是拜仁慕尼黑和多特蒙德。这两个俱乐部在各自的时代都取得了辉煌的成绩，但在2006年之后，拜仁逐渐失去了统治地位，而多特蒙德则开始崛起。

2006年的欧洲冠军联赛决赛，拜仁以4比2战胜切尔西，成功卫冕。然而，在接下来的几年里，拜仁的表现却不如预期。球队内部出现了矛盾，球员们对管理层不满，这导致了球队的战绩下滑。与此同时，多特蒙德在经历了一些起伏后，终于在2009-2010赛季重新夺回了德甲冠军。

2010年，多特蒙德以7比1击败拜仁，成功捧起了队史上的第四个德甲冠军。这一胜利不仅让多特蒙德成为了德甲的新霸主，也让球迷们看到了他们未来无限的可能性。

然而，随着多特蒙德的崛起，拜仁也并没有放弃追赶的脚步。他们在2011-2012赛季再次夺得德甲冠军，并且在2014-2015赛季中，拜仁又成功卫冕了欧洲冠军联赛。

尽管拜仁和多特蒙德在德甲中的表现都不错，但多特蒙德在国际足坛上仍然占据着主导地位。他们在2015年获得了欧洲超级杯冠军，并且在2018年赢得了世界杯冠军。

总的来说，20世纪末至21世纪初的德甲霸主是拜仁和多特蒙德。拜仁在2006年之前一直是德甲的霸主，但在2006年后逐渐失去统治地位；而多特蒙德则在2009-2010赛季重新夺回了德甲冠军，并且在国际足坛上占据了主导地位。